「役職手当は全額を見込残業代(=見込割増賃金制度)とする」と就業規則で定めている会社は多いのではないかと思います。もしも役職者が年次有給休暇を取得した場合には、役職手当を含まない平均日額を年次有給休暇取得時の賃金として支払っても法律違反にはなりません。
役職手当に限らず、就業規則や労働条件通知書等で明確に見込割増賃金として明記してある額を年次有給休暇取得時に支払う義務が無いことにご留意ください。何故なら、年次有給休暇取得時は働いていませんから残業が発生することはなく、労基法でも「通常支払うべき賃金を支払う」と決められており、通常支払うべき賃金に割増賃金は含まれないからです。
ただし、無難に処理されたいのであれば役職手当などの見込割増賃金を含めた額を支払うことです。
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